Im Zeitalter der Reformation verschärfte sich die Rivalität zwischen den bayerischen und pfälzischen Wittelsbachern, da die letzteren sich dem evangelischen Bekenntnis anschlossen, während die Herzöge von Bayern zu einer der wichtigsten Stützen der katholischen Kirche in Deutschland wurden. Dies hatte weitreichende politische und kulturelle Folgen: Bayerische Prinzen besetzten über etwa zwei Jahrhunderte hinweg den Kölner Erzbischofsstuhl, um dem rheinisch-westfälischen Katholizismus den Rückhalt Bayerns gegen mächtige protestantische Nachbarn zu verschaffen. Ihr eigenes Land schlossen die Herzöge gegenüber dem Norden Deutschlands ab, öffneten es aber für einen breiten Strom geistiger und künstlerischer Einflüsse aus dem katholisch gebliebenen Süd- und Westeuropa und legten so die Grundlage für die bayerische Barockkultur. Der politische Konflikt verschärfte sich im Dreißigjährigen Krieg: Der treu zum habsburgischen Kaiser stehende Herzog Maximilian I. von Bayern erhielt zum Dank für seine entscheidende Mithilfe bei der Niederwerfung des Kurfürsten Friedrich V. von der Pfalz, der sich von aufständischen Protestanten zum König von Böhmen hatte wählen lassen, die pfälzische Kurwürde und die Oberpfalz übertragen. Erst im Westfälischen Frieden bekam der Sohn des vertriebenen „Winterkönigs“ Friedrich 1648 wieder die Rheinpfalz samt einer neugeschaffenen Kurwürde. Als seine männlichen Nachkommen 1685 ausstarben, fiel die Kurpfalz an die katholische Nebenlinie Pfalz-Neuburg. Eine andere pfälzische Nebenlinie hatte von 1654 bis 1720 den schwedischen Königsthron inne. Mit Karl VII. stellte das Haus Wittelsbach von 1742 bis 1745 nochmals einen Kaiser.