In beiden Hauptlinien kam es im Laufe des späten Mittelalters zu verschiedenen weiteren Teilungen, wodurch sich der Besitz des Hauses zeitweise stark zersplitterte; Erbstreitigkeiten waren die Folge. Am einflussreichsten waren die pfälzische Kurlinie und in Bayern die in Landshut residierenden „Reichen Herzöge“, die noch heute durch die prächtige Landshuter Hochzeit bekannt sind, die Georg der Reiche 1475 mit der polnischen Königstochter Jadwiga feierte. Da aus der Ehe jedoch kein Sohn hervorging, kam es 1503 bis 1505 zum Landshuter Erbfolgekrieg, bei dem Herzog Albrecht IV. von Bayern-München sich weitgehend gegen seine pfälzischen Verwandten durchsetzen konnte. Diesen wurde mit dem neu geschaffenen Fürstentum Pfalz-Neuburg nur ein kleiner Teil des Erbes zugestanden, während ganz Niederbayern der Münchner Linie zufiel. In der Primogeniturordnung von 1506 verordnete Albrecht IV., dass von nun an immer nur der älteste Sohn erbberechtigt sein solle. Die Einheit des Landes Bayern blieb dadurch gewahrt und München wurde zur beständigen Hauptstadt.