Seit 1996 ist Herzog Franz von Bayern Familienoberhaupt des Hauses Bayern. Er ist der älteste Sohn Herzog Albrechts (1905 – 1996).
Herzog Franz ist ein kenntnisreicher und passionierter Sammler zeitgenössischer Kunst. Den Großteil seiner Sammlung moderner Kunst übergab er bereits 1984 an die Stiftung Wittelsbacher Ausgleichsfonds. Die Gemälde und Grafiken werden heute in der Pinakothek der Moderne und in der Staatlichen Graphischen Sammlung in München der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Seine umfangreiche Privatbibliothek zur Kunst des 20. und 21. Jahrhunderts übergab er 2009 dem Münchner Zentralinstitut für Kunstgeschichte.
Herzog Franz ist Mitglied des International Council des Museum of Modern Art in New York. Weiterhin gehört er zu den Gründern des Galerie-Vereins München, dem heutigen PIN., dessen Wirken durch die Eröffnung der Pinakothek der Moderne 2002 gekrönt wurde. In nahezu zweihundert, überwiegend sozial und kulturell ausgerichteten Organisationen engagiert sich Herzog Franz von Bayern zudem als Schirmherr, Kuratoriumsmitglied oder Förderer im In- und Ausland. Seine vielfältigen Repräsentationsaufgaben nutzt er, um besonderen Anliegen Gewicht zu verleihen.